Missio heeft in de loop der jaren meerdere nevenstichtingen opgericht voor specifieke doelen. Een lijst van deze nevenstichtingen vindt u in deze PDF.

Op 7 december 2007 zijn de 30 nevenstichtingen van de Stichting Pauselijk Missiewerk voor Geloofsverbreiding alsmede de 34 nevenstichtingen van de Stichting Pauselijk Missiewerk voor eigen Priesters ontbonden, met de volgende bepaling:

Als bewaarder van de boeken en bescheiden van de stichting aan te wijzen: de publieke rechtspersoon van de Rooms-Katholieke Kerk in de zin van canon 114 paragraaf 1 van de Codex Iuris Canonici, genaamd Pauselijke Missiewerken Nederland (naar buiten toe optredend onder de naam Missio en welke instelling als zelfstandig onderdeel van het Rooms-Katholiek Kerkgenootschap in Nederland in de zin van artikel VII van het Reglement voor dit Kerkgenootschap ingevolge artikel 2:2 van het Burgerlijk Wetboek rechtspersoonlijkheid bezit naar Nederlands recht en gevestigd is te ’s-Gravenhage en kantoor houdt te 2593 BN ‘s- Gravenhage, Laan van Nieuw Oost Indië 191).